Situs suci juga didirikan, sering kali memanfaatkan fitur alam yang menonjol seperti puncak gunung, gua, dan mata air. Huacas ini dapat digunakan untuk melakukan pengamatan astronomi pada waktu-waktu tertentu dalam setahun.
Upacara kepercayaan berlangsung menurut penanggalan astronomi, khususnya pergerakan matahari, bulan, dan Bima Sakti (Mayu).
Prosesi dan upacara juga bisa dikaitkan dengan pertanian, khususnya musim tanam dan panen. Selain Pulau Matahari Titicaca, situs Inca yang paling suci adalah Pachacamac.
Dalam sejarah peradaban Inca, situs itu adalah sebuah kota Inca dengan kuil yang dibangun untuk menghormati dewa dengan nama yang sama. Dewa ini yang menciptakan manusia, tumbuhan, dan bertanggung jawab atas gempa bumi.
Patung dewa dari kayu besar, yang dianggap sebagai ramalan, membawa peziarah dari seluruh Andes untuk beribadah di Pachacamac.
Shaman adalah bagian penting lainnya dari kepercayaan Inca dan aktif di setiap pemukiman. Cuzco memiliki 475 orang, yang paling penting adalah yacarca, penasihat pribadi penguasa.
Ritual kepercayaan Inca juga melibatkan pemujaan leluhur seperti yang terlihat melalui praktik mumifikasi dan persembahan makanan, minuman, dan bahan berharga kepada dewa.
